Theo Bộ GTVT, việc quản lý vận hành, thu phí BOT đường bộ đã được các doanh nghiệp thực hiện cơ bản ổn định. Thu phí tự động không dừng đã được đồng thuận cao, giảm ùn tắc giao thông, tạo điều kiện thuận lợi cho người dân đi lại. Tuy nhiên, hoạt động thu phí đường bộ còn một số tồn tại, như: Chủ đầu tư chưa tuân thủ đầy đủ chế độ báo cáo về lưu lượng và doanh thu theo quy định và hợp đồng, việc miễn, giảm phí chưa đúng đối tượng.
Trước thực trạng này, Bộ GTVT yêu cầu các doanh nghiệp chấp hành nghiêm túc các quy định pháp luật và hợp đồng đã ký trong quản lý thu, chi ở giai đoạn kinh doanh, khai thác và chuyển giao công trình; xây dựng các giải pháp tăng cường quản lý nội bộ, kiểm tra, xử lý vi phạm, xử lý sự cố; không để xảy ra tiêu cực trong quá trình thu phí đường bộ.
Trong đó, Cục Đường bộ được yêu cầu thực hiện nghiêm, đầy đủ trách nhiệm, nghĩa vụ của cơ quan nhà nước có thẩm quyền với các dự án BOT giao thông đang khai thác, khi chuyển giao; chịu trách nhiệm tổ chức thanh kiểm tra hoạt động của trạm thu phí theo quy định của pháp luật, hợp đồng dự án.
Đặc biệt, Bộ GTVT yêu cầu Cục Đường bộ phải quyết định theo thẩm quyền về việc tạm dừng thu, dừng thu phí khi phát hiện doanh nghiệp vi phạm quy định của hợp đồng dự án và quy định của pháp luật.
